Das Fach Musik wird laut schulinterner Kontingentstundentafel für G9  in der Sekundarstufe 1 in den Klassenstufen 5-9 zweistündig unterrichtet. In der Oberstufe kann Musik statt Kunst und DS gewählt werden und wird dann im Normalfall drei Jahre lang belegt.

Zentrales Anliegen des Faches an der Humboldt-Schule ist die Erziehung der Schülerinnen und Schüler zu mündigen Teilnehmern am kulturellen Leben. In diesem Sinne werden im regulären Unterricht neben der Musikpraxis das Hören und das Verstehen von Musik in möglichst vielen Zusammenhängen und durch möglichst viele unterschiedliche Zugänge gefördert und (oft Fächer verbindend) die Umstände ihrer Entstehung und Wirkung beleuchtet. Möglich wird das Unterrichten in dieser umfassenden Weise nicht zuletzt durch die außergewöhnlichen Möglichkeiten, die die technische und mediale, aber auch die instrumentale Ausstattung des Musikraumes bietet. In den Arbeitsgemeinschaften (Unterstufenchor, HuSchu Ghost Notes (Schüler-Eltern-Lehrer-Chor), Vororchester, Orchester und Big Band) und beim Instrumentalunterricht  im Rahmen des Ganztagsangebots (im Moment Geige, Gitarre, Bass, Trompete, Posaune und Harfe) ist noch intensiveres gemeinsames Musizieren möglich.

Die Fachschaft unterhält Kontakte zu außerschulischen kulturellen Institutionen der Stadt Kiel (Oper, Philharmonisches Orchester, Musiculum), was durch die zentrale Lage der Schule erleichtert wird – auch für die Künstler: So kommen Musiker zu Konzerten, Gesprächskonzerten oder zu Vor- und Nachbesprechungen direkt in den Unterricht.